Cet endroit marquait la limite entre les anciens peuples locaux : Cadurques (Quercinois), Pétrocores (Périgourdin) et les Nitiobroges (Agenais) ; territoires devenus par la suite des diocèses, puis des départements (département du Lot, du Lot-et Garonne, et de la Dordogne), et ensuite seulement deux départements depuis le rattachement de Loubéjac à la Dordogne au XIXème siècle.
C’est au XVIe siècle que la fontaine prend le nom qu’elle a conservé jusqu’à aujourd’hui. A l’automne 1506, alors que Louis XII, roi de France, les chanoines et la Papauté se disputent la nomination des évêques, le prélat de Sarlat, Armand de Gontaut-Biron, invite ses confrères évêques d’Agen et de Cahors. Ils cherchent alors un lieu où ils pourraient être ensemble tout en restant chacun dans leur diocèse. Le site d’une fontaine à Lavaur répondait à leur souhait. Ils y dinèrent dans la plus fraternelle convivialité après les cérémonies religieuses.
En 2006, le prêtre de la paroisse de Notre-Dame de Capelou (Lot-et-Garonne), l'abbé Graziani, a réactualisé la rencontre des trois évêques qui se réunissent depuis, le Lundi de Pâques, chacun d’un côté de la fontaine où ils célèbrent le souvenir des rencontres ancestrales.
Cette réunion fait d'ailleurs l'objet d'une inscription à l'Inventaire du patrimoine culturel immatériel en France.